Die Kernaufgaben der Gesellschaft für Epilepsieforschung e.V. bestehen darin, die Ursachen und verschiedenen Erscheinungsformen der Epilepsie wissenschaftlich zu erforschen und die jeweils zweckmäßige Therapie sowie die psychosozialen und pädagogischen Maßnahmen zu fördern. Zu diesem Zweck wurden vier Bereiche mit spezifischen Aufgabenfeldern geschaffen:
Zur hochauflösenden Bildgebung des Gehirns epilepsiekranker Menschen im Rahmen der Diagnostik und wissenschaftlicher Studien.
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Zur Koordinierung, Förderung und Weiterentwicklung der klinischen Forschung auf dem Gebiet der Epileptologie am Epilepsie-Zentrum Bethel.
Zur Erschließung interdisziplinärer Forschungsressourcen sowie zur Begleitung wissenschaftlicher Arbeiten im Bereich der Epilepsieforschung an der Universität Bielefeld.